Gynekologická část ÚPMD sestává z ambulantní a lůžkové části. Ambulantní složka poskytuje všeobecnou gynekologickou a specializovanou gynekologickou péči, tedy komplexní ambulantní gynekologický servis. Lůžková část gynekologického pracoviště se zabývá konzervativní a operační léčbou širokého spektra gynekologických onemocnění. Gynekologické pracoviště disponuje vedle jednotky intenzivní péče další 2 gynekologická oddělení – G2 a G3.
Oddělení G2 je zaměřeno na pooperační péči po gynekologických výkonech.
Oddělení G3 je zaměřeno na konzervativní gynekologii a také onkologickou péči. součástí oddělení G3 je onkologický stacionář. Unikátní jednotkou je Centrum pro léčbu trofoblastické nemoci, které soustřeďuje nemocné s touto vzácnou diagnózou z celé ČR. V současné době operujeme na 3 operačních sálech, které jsou vybavené nejmodernější operační technikou. Našim pacientkám nabízíme široké spektrum operačních výkonů – klasické břišní a vaginální operace, včetně radikálních onkologických, provádíme kompletní endoskopickou operativu nejvyšších stupňů obtížnosti. Menší chirurgické zákroky, jako jsou kyretáže a hysteroskopie, výkony provádíme většinou v rámci jednodenní chirurgie na ambulantním operačním sále.